בראיון לעיתון הארץ, מה-7 בספטמבר 2012, ניסה פרופ' בני מוריס להגדיר מחדש את כתיבתו הפולמוסית על הסכסוך הפלסטיני-ישראלי. מוריס הוא מחלוצי הכתיבה הביקורתית על הנרטיב הציוני ועל אופיו והתפתחותו של הסכסוך הזה, בדגש על שאלת הפליטים הפלסטינים של 1948. כהיסטוריון הנצמד למסמכים הוא הוכיח כי רבים מהפליטים גורשו ולא נמלטו מאימת המלחמה, או בהוראת מנהיגיהם, הפלסטינים והערבים. הוא גם טרח רבות לנפץ את המיתוס של צה"ל כצבא המוסרי ביותר החף מכול הוצאות להורג מתוכננות, מעשי ביזה ואונס. מחקריו עוררו זעם רב הן בממסד הפוליטי הישראלי הן בזה האקדמי, בעיקר בקרב היסטוריונים אותם כינה מוריס "ישנים". מוריס התפרסם גם כאשר סירב לשרת במילואים בעת האניתיפאדה הראשונה בטענה כי אין זה מוסרי לפעול נגד עם הדורש את עצמאותו וזכויותיו, לרוב בדרכים לא אלימות. חשוב להזכיר כי מוריס שירת ביחידה קרבית מוצנחת, לקח חלק במלחמת ששת הימים ואף נפצע במלחמת ההתשה. כתיבתו מנעה ממנו לקבל משרת חוקר ומרצה באקדמיה הישראלית, למרות יכולותיו המוכחות וספריו הרבים. האירוניה היא שדווקא עזר וויצמן, המזוהה כול כך עם הממסד הצבאי והפוליטי הציוני, סייע בידו להשתלב באוניברסיטת בן גוריון.
בשנים האחרונות ניכרת רוויזיה בכתיבתו ומחשבתו של פרופ' מוריס. בספרו מ-2009, "מדינה אחת, שתי מדינות, ישראל ופלסטין", היוצא לאור כעת בעברית, הוא מנסה להציג נראטיב שונה לאופיו, התנהלותו ועתידו של הסכסוך הישראלי-פלסטיני. אם קודם בא מוריס בחשבון נוקב עם הציונות ומדינת ישראל, בספר זה הוא מעביר את הדיון לזירה הפלסטינית. אכזבתו של מוריס מחוסר נכונותם של הפלסטינים לכול פשרה טריטוריאלית שהוצגה בפניהם, לפני קום המדינה ומאז ועד היום, הובילה אותו למסקנות כמעט חד משמעיות: הפלסטינים מונעים מרצון הנקמה, מדחף כמעט בלתי נשלט להשמיד את מדינת ישראל ולהקים על חורבותיה מדינה פלסטינית מהים עד לנהר, ואולי גם להתרחב לירדן וחלק מסיני. לכן הם, על שני פלגיהם העיקריים, הרשות והחמאס, מתנגדים לכול פשרה בנושאי הליבה: טריטוריה, ירושלים וזכות השיבה. אליבא דמוריס הם מאמינים כי הזמן, המרחב הערבי והאסלאמי פועלים לטובתם ולכן אין זה בוער להקים מדינה אשר משמעותה קיום מתמיד לצד ישראל.
הציטוט הבא מהראיון עם מוריס מעלה תהיות רבות. הוא מודה כי ספרו הוא "מסה היסטורית שיש לה תכלית פוליטית והסבר פוליטי[…] אני מבקש להאיר את עיני הקוראים לגבי האמת. המטרה היא לחשוף את מטרות התנועה הלאומית הפלסטינית – להכחיד את המפעל הלאומי היהודי ולרשת את פלסטין כולה עבור הערבים והאיסלאם”. השאלה המתבקשת היא מדוע חוקר כה מוערך הגיע למסקנה כה פסימית? האם בגלל תובנות חדשות הנובעות מעיסוק של עשרות שנים בלב המדמם של המציאות בה אנו חיים, ראיה מפוכחת לנוכח הכישלון המהדהד של הסכם אוסולו ומחיר הדמים ששני הצדדים שילמו על חובבנות אדריכליו? תהיה התשובה אשר תהיה חובה עלינו להתייחס בכבוד ובכובד ראש לספר זה. ניתן וחובה להתווכח עימו, כפי שנעשה עם ספריו הקודמים, אולם אסור בתכלית האיסור להתעלם ממנו. מוריס לא מהסס פעם אחר פעם להציב מראה מלוטשת היטב אל מול עיני כולם, במיוחד היסטוריונים העוסקים במזרח התיכון בכלל ובקונפליקט עם הפלסטינים בפרט.
בנימה יותר אישית. זה מספר שנים שאני מלמד על סכסוך זה מזווית ראיה פלסטינית. להבנתי הקושי להגדיר את הלאומיות הפלסטינית נובע בראש ובראשונה מהעדרה של הגדרה מוסכמת בקרב הפלסטינים עצמם. זו חברה פלורליסטית בדעותיה לא פחות מהישראלית. רבים מקרבה מתנגדים להגדרה אחת לשאלה "מיהו פלסטיני" מאחר שהם מסרבים לקבל את התכתיב הקולוניאלי והציוני כאחד. אחרים מתנגדים לכך מסיבות דתיות, פוליטיות או מעצם מקום מגוריהם (בעיקר בקרב ערביי ישראל). אולם, ובכך אני מסכים עם פרופ' מוריס, כמעט כולם, ובהם רוב חברי הסיעות הערביות בכנסת, מאוחדים סביב הנרטיב כי אין ממש בטענה של הציונות ללגיטימיות היסטורית ודתית על ארץ ישראל או אפילו על חלקה. כפי שהחברה הישראלית הפנימה ברובה כי גם לפלסטינים יש זכויות בארץ ישראל חובה על החברה הפלסטינית להבין זאת. ללא הצד הפלסטיני לא יתכן שלום אמיתי.