ביוני 2011, חודש לפני יציאתה של דרום-סודאן לעצמאות, התחדשה הלחימה במדינת המחוז דרום-כורדופאן בסודאן בין צבא סודאן ותנועת המורדים המרכזית באזור זה. במוקד הלחימה נמצא אזור הרי הנובה, המכסה כשני שליש משטחה של מדינת המחוז ומאכלס כמאה קבוצות אתניות מקומיות לא-ערביות, לצד קבוצות ושבטים ערביים ששורשיהם מחוץ לאזור. בספטמבר, הגיעו התקפות הממשלה גם למדינת המחוז הנילוס הכחול. "שני האזורים", כפי שהם מכונים בשיח הפוליטי הסודאני, נמצאים בספר שבין אזורי הצפון והדרום המסורתיים בסודאן, שנלחמו ביניהם בשתי מלחמות אזרחים הרסניות בשנים 1972-1955, 2005-1983.
מאז השתחררה סודאן ב-1956 מהשלטון הקולוניאלי האנגלי-מצרי, תחושה של חוסר הזדהות עם המדינה הפכה נחלתם של רבים מתושביה. לאורך מרבית השנים, נקטו הממשלות השונות מדיניות אלימה של עליונות אסלאמית וערבית על קבוצות אתניות ודתיות אחרות בחברה הסודאנית. המלחמות בין הדרום, המאופיין באוכלוסיות אפריקאיות ונוצריות ברובן, לממשלות הערביות בחרטום ביטאו את מאבקן של האוכלוסיות והאזורים המודרים וביססו את אופיו המורכב.
לצד תפישות בדלניות, התאפיין המאבק הדרומי גם בחתירה לשמירה על אחדות המדינה. הפוליטיקאי והגנרל הבולט שהחזיק בתפישה זו היה ג'ון גרנג דה מביור, מנהיג "התנועה/הצבא העממי/ת לשחרור סודאן", שהובילה את המרד במלחמת האזרחים השנייה. החזון של גרנג בדבר "סודאן חדשה", דמוקרטית ומאוחדת, השפיע על מפלגות ואזורים נוספים מאז אמצע שנות השמונים. קבוצות מהרי הנובה בדרום-כורדופאן, מהנילוס הכחול וממזרח סודאן הצטרפו לדרום במאבק המזוין, ותנועות המורדים הדארפוריות שצמחו בסוף שנות התשעים הושפעו גם הן מהחזון.
גרנג חיזק את תפישת הזהות ה"אפריקנית" של סודאן וטען, כי זו זכותה הטבעית להתקיים לצד הזהות הערבית, המאפיינת לכאורה את אזור הצפון. למרות שגרנג התייחס בחזונו לחשיבותה של "הגדרה עצמית", תפישה זו לא בהכרח סתרה שותפות פוליטית ומדינית עם צפון-סודאן, במסגרת פדרטיבית ודמוקרטית. הוא דגל בתפישה, לפיה הבעיה בסודאן איננה רק של הדרום, אלא של כל אזורי ונתיני הפריפריה הגיאוגרפית והפוליטית של סודאן.
על פעילותה של "התנועה העממית" העיב חוסר לכידות עקב יריבויות בין גרנג הריכוזי והדומיננטי לכמה מהמנהיגים המרכזיים של התנועה. המתיחות צמחה על רקע אתני ופיקודי, והתגברה בשל אבדן התמיכה של אתיופיה לאחר נפילת המשטר שם ב-1991. הזרם הפלגני הנקרא "קבוצת נאצֵר" ביקש להדיח את גרנג, דחה את עקרונות "סודאן החדשה" וקרא להיפרדות של דרום-סודאן מהצפון. הממשלה בחרטום דאגה לנצל יריבות זו באמצעות תמיכה כספית, צבאית ופוליטית בפלג המורד, כדי להחליש את גרנג ואת הזרם המרכזי של התנועה העממית.
בינואר 2005 נחתם "הסכם השלום הכולל" שהביא לסיום המלחמה, ובו נקבעה תקופת מעבר של שש שנים שבסופה תכריע דרום-סודאן את גורלה. כמה חודשים לאחר מכן נהרג גרנג בתאונת מסוק מסתורית, ומותו חיסל במובנים רבים את חזון "סודאן החדשה", שכלל שותפות בין הצפון לדרום. יורשו בתפקיד, סלבה קיר מיארדיט, קידם את ההיפרדות של דרום-סודאן. חוסר נכונותו של המשטר הסודאני ליישם את ההסכם ולשנות את פניו לכיוון דמוקרטי תרם אף הוא לעצמאות המדינית החדשה.
המאבק לעצמאות בדרום סודאן (Steve Miller, cc by-nc 2.0)
חלוקת הארץ ערערה את אותם אזורים ואוכלוסיות שנלחמו לצד הדרום או הושפעו ממאבקו. הסכם השלום הדחוק נחתם על רקע המשבר החמור שפרץ בדארפור – חבל ארץ מוסלמי בו יושבות קבוצות רבות שאינן מזדהות כערביות ופתחו חזית מול ממשלת סודאן – והתמקד בפתרון המחלוקת בין הצפון המוסלמי לדרום הנוצרי. ההסכם גם הותיר את האזורים דרום-כורדופאן והנילוס הכחול חלק מסודאן הצפונית, מבלי להידרש ברצינות לבעיותיהם במסגרת זו. כך, האלימות, ההדרה הפוליטית וגזל האדמות המתמשכים מהם סבלו האוכלוסיות האפריקאיות המקומיות באזורים אלו מידי קבוצות ערביות שונות תרמו להתחדשות הלחימה.
את המאבק הצבאי והפוליטי בשני האזורים, החל מ-2011, הובילו פוליטיקאים ולוחמים שהיו חלק מהתנועה של גרנג, תחת השם "התנועה העממית – צפון". על אף תמיכה מסוימת מצד גורמים שונים בבדלנות האזורים, בפרט בהרי הנובה, המשיכו מזכ"ל התנועה, יאסר ערמאן, והיו"ר מאלכ עגאר בקו אותו הוביל גרנג. לפיכך, הם קידמו את האופציה של החלפת המשטר הסודאני ודמוקרטיזציה, בעוד האפשרות של "הגדרה עצמית" נותרה רק שנייה לה.
לאחרונה חלה תפנית שעשויה לקבל משמעות כבר בקרוב, על רקע משא ומתן סבוך עם הממשלה והתקרבות בין חרטום לג'ובה (דרום-סודאן), המעיבה באופן משמעותי על פעילות "התנועה העממית-צפון" באזורי הגבול. בחודש מרץ, סגן יו"ר "התנועה העממית-צפון" ואיש הצבא, עבדלעזיז אל-חילו, הגיש את התפטרותו ל"מועצת השחרור של הרי הנובה" – גוף אזורי למדינת דרום-כורדופאן של התנועה העממית-צפון. הוא הצהיר, כי המזכ"ל ערמאן התעלם מדרישתו לכלול את התביעה להגדרה עצמית במסגרת שיחות השלום עם הממשלה בתיווך האיחוד האפריקני. "מועצת השחרור" דחתה את מכתב ההתפטרות, הביעה אי-אמון בערמאן וקראה לפזר את מזכירות התנועה. כמו כן, המועצה הביעה תמיכה במנהיגותו של אל-חילו במסגרת "התנועה העממית-צפון" ובתביעתו להגדרה עצמית של הרי הנובה.
מצד אחד, ניתן לראות בהתפתחות זו חלק טבעי מהמאבק המתמשך של אזורי הפריפריה בסודאן – נוכח אלימות, נישול והדרה משך שנים – שהביא לתמיכתם של גורמים שונים בבדלנות בדרום-סודאן, בהרי הנובה ובדארפור. מצד שני, המהלך של אל-חילו מהדהד את המשבר במנהיגות "התנועה העממית לשחרור סודאן" בשנות התשעים, שהמשטר תרם לו וניצל אותו לתועלתו. העובדה כי הממשלה מתוסכלת מהמעמד הפוליטי של ערמאן, וההתבטאות של בכיר בממשלה, על כך ששיחות שלום עם "התנועה העממית-צפון" בהנהגת אל-חילו הבדלני תהיינה יעילות יותר, עשויות להעיד כי יש יותר מן הנגלה לעין במשבר הנוכחי.
