יונתן מזרחי חוקר את תפקידם של הארכאולוגיה ואתרי המורשת בהקשרים של הסכסוך הישראלי-פלסטיני, תוך התמקדות במציאות הפוליטית בגדה המערבית ובמזרח ירושלים. הוא מנהל-שותף של פרויקט מעקב ההתנחלויות של שלום עכשיו, ממייסדי עמותת עמק שווה ומנהלה משנת 2022-2009. יונתן הוא דוקטורנט במחלקה לסוציולוגיה ואנתרופולוגיה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב.