בחינת טיב מערכת היחסים שבין המדינות לאורך שישים השנים האחרונות מעלה כי היא התאפיינה לרוב במתחים, האשמות הדדיות וחשדנות בלתי פוסקת. דוגמא ראשונה ובולטת לכך ניתן למצוא במהלך שנות החמישים והשישים, בתקופת שלטונם של ג'מאל עבד אל-נאצר ומחמד רזא שאה. קשריו האדוקים והחמים של האחרון עם ישראל בתחומי הביטחון, החקלאות הדיפלומטיה ועוד היו לצנינים בעיניו של נאצר, שהחשיב את משטר השאה "פרו−ישראלי". בין השאר גוייסה התקשורת הנאצריסטית לטובת המערכה (רדיו "קול ערב", למשל), והשיח' הראשי של אל-אזהר מתח ביקורת על השאה ויחסיו עם ישראל.
עם מותו של נאצר ועלייתו של סאדאת נראה היה כי עידן חדש ביחסים שבין המדינות עומד בפתח. היחסים שבין המשטר המצרי לבין בת בריתו הסובייטית, שעלו על שרטון בראשית שנות השבעים, עוררו אופטימיות בקרב ההנהגה האיראנית שקיוותה לנצל זאת לטובת נרמול היחסים. "מדיניות השלום" שהנהיג סאדאת לאחר מלחמת 1973 קודמה אף היא בברכה על ידי השאה האיראני – כך היה לגבי הסדר סיני (1975) וכך לגבי ביקורו של סאדאת בישראל בנובמבר 1977. יתרה מזאת, במחצית שנות השבעים אף נחתם הסכם לסיוע כלכלי בין המדינות בשווי מיליארד דולר, שכלל שיקום נזקים בנמל פורט-סעיד, הרחבתה של תעלת סואץ וסלילת צינור נפט מתעלת סואץ לפורט סעיד. מצרים, מצידה, התחייבה כי איראן תוכל להשתמש במתקני הנמל שלה לצרכים תעשייתיים ומסחריים.
אולם עלייתו של האייתוללה ח'ומייני והסתלקותו של השאה מאיראן בראשית 1979 טרפדו שוב את ניסיונות ההתקרבות בין המדינות. הפעם, באופן אירוני, היה זה המשטר האיראני שיצא נגד מדיניותו הפרו−מערבית של סאדאת ונגד הסכם השלום שחתמה מצרים עם ישראל ב−1979, שנתפס על ידי ח'ומייני כמנוגד לחוקי האסלאם. הירצחו של סאדאת ב−1981 והנצחתו של רוצחו, ח'אלד אל−אסלאמבולי, באיראן, לרבות רחוב שנקרא על שמו ובולים שהונפקו בדמותו, ציננו שוב את היחסים בין המדינות והותירו אותם עכורים גם בתקופת נשיאותו של חוסני מבארכ.
על אף שנדמה כי עלייתם של "האחים המוסלמים" בעת הנוכחית פותחת פתח לעידן חדש בין המדינות הנשען על ה"גל האסלאמי" שראשיתו במהפכה האסלאמית של 1979, הפשרת היחסים בין מצרים לאיראן לא נראית סבירה לפחות בטווח הזמן הקרוב ממספר טעמים. ראשית, מורסי כבר הצהיר שיכבד את "ההסכמים הבינלאומיים הקיימים" (ברמזו בין היתר להסכם השלום עם ישראל). שנית, אחד ממקורות ההכנסה החשובים ביותר לכלכלתה של מצרים הוא ענף התיירות, ובתוך כך סיני, שהיא אחד מיעדי התיירות המבוקשים ביותר. בשנים האחרונות הפכה סיני לאבן שואבת לארגוני טרור וג'האד עולמי המוצאים בה כר נוח לפעילותם הרדיקלית. מצרים יודעת כי נתח לא מבוטל מכספי הטרור המנותבים לארגונים הללו מקורם באיראן, ובשל כך מתנה את הפשרת היחסים בין היתר בהפסקת המימון לארגונים הללו. שלישית, מצרים תלויה הן כלכלית והן צבאית בסיוע המערבי הנאמד במיליארדי דולרים בשנה. רביעית, תמיכתו של המשטר האיראני במתרחש בסוריה מנוגדת למדיניותה של מצרים. ולבסוף, ההבדלים החברתיים−תרבותיים ובכללם העדתיים (סונה−שיעה) מציבים מכשול נוסף בפני גישור ופשרה ביחסי מצרים-איראן.
שי מלכי הוא דוקטורנט בחוג ללימודי המזרח התיכון באוניברסיטת בן-גוריון בנגב
